1、遗传因素：一般有很明显的家族史，家族中父母双亲或祖辈有缺牙现象。

2、代谢障碍：母体妊娠的疾病或代谢障碍引起乳/恒牙发育缺陷

3、营养障碍：牙胚发育初期母体内营养障碍如钙、铁、蛋白质缺乏。

4、内分泌失调：牙胚发育初期母体内分泌失调也会导致先天性牙齿缺失。

5、射线影响：如牙胚发育早期受到X线照射，则受照侧牙齿可能缺失。

6、感染因素：一些致病微生物比如风疹病毒、梅毒螺旋体感染等。

7、遗传性疾病：多数牙缺失和全口牙缺失常与遗传疾病有关如遗传性外胚叶发育不全，是一种全身性的先天畸形，皮脂腺和汗腺缺乏、皮肤干燥、少汗或无汗以及毛发稀疏、鼻梁塌陷、牙齿部分缺失或全部缺失。

8、全身性疾病：结核病、佝偻病等全身系统性疾病使牙齿的胚胎破坏或发育受阻，也可能引起先天性缺失牙。